巢湖流域位于我省中部，巢湖流域東瀕長江，西北為江淮分水嶺，東北鄰滁河流域，南與陳瑤湖、菜子湖及皖河流域毗連。流域跨合肥市、蕪湖市、馬鞍山市、六安市以及安慶市5市16個縣(區)，流域總面積13486km²,約占安徽省總面積的9.3%。巢湖流域分為巢湖閘上片、巢湖閘下西河片和巢湖閘下裕溪河牛屯河片，裕溪河牛屯河片巢湖閘上入湖泊主要有南淝河、豐樂河、杭埠河、兆河等，巢湖閘下主要河流有奚河、西河、清溪河、牛屯河等，其中裕溪河、牛屯河為巢湖主非水入江通道。根據各片地形、水系特點采取相應的治理方案，其中巢湖閘上片以蓄、泄、防為主；西河片機排；輔以機排。